Řízení ochrany před povodněmi zabezpečují ve své územní působnosti povodňové orgány [10]. Povodňové orgány se při své činnosti řídí povodňovými plány. Uvedenou činností nejsou dotčeny pravomoci velitele zásahu. Povodňový orgán může koordinovat činnost mezi veliteli různých zásahů při provádění povodňových záchranných prací.

V období mimo povodeň jsou povodňovými orgány

• orgány obcí a v hlavním městě Praze orgány městských částí,
• obecní úřady obcí s rozšířenou působností a v hlavním městě Praze úřady městských částí stanovené Statutem hlavního města Prahy,
• krajské úřady a
• Ministerstvo životního prostředí; zabezpečení přípravy záchranných prací přísluší Ministerstvu vnitra.

Po dobu povodně jsou povodňovými orgány:

• povodňové komise obcí a v hlavním městě Praze povodňové komise městských částí, kterou řídí starosta obce (předseda komise),
• povodňové komise obcí s rozšířenou působností a v hlavním městě Praze povodňové komise městských částí stanovené Statutem hlavního města Prahy, kterou řídí starosta obce s rozšířenou působností (předseda komise),
• povodňové komise krajů,
• Ústřední povodňová komise.

Mezi povodňovými komisemi platí systém nadřízenosti a podřízenosti. Velitelé jednotek spolupracují při zajištění všech činností s příslušnými povodňovými orgány. Doporučuje se, aby velitel místní jednotky byl členem povodňové komise obce.

Základní informace o povodňové komisi obce:

• předsedou je starosta obce,
• komise je doplněna o členy zastupitelstva a další osoby,
• komise je podřízena povodňovému orgánu ORP (povodňová komise ORP),
• pokud není zřízena, vykonává tuto činnost rada obce. [10]